1.2.1 柑橘溃疡病菌的分离纯化与鉴定
柑橘溃疡病菌的分离采用平板划线法，挑取淡黄色的圆形单菌落进行再纯化，并使用柑橘溃疡病菌特异性引物JYF5F/R (5'-TTCGGCGTCAACAAAATG-3'，5'-AACTCCAGCACATACGGGTC-3' )（Wang et al., 2004），进行PCR检测和鉴定。PCR反应总体系共20 μL，包括10×Buffer 2 μL，脱氧核苷三磷酸2 μL（2.5 mmol·L-1），上下游引物各0.5 μL（10 μmol·L-1），Taq DNA酶0.2 μL（2.5 U·μL-1），DNA模板1μL（10 ng），dd H2O 13.8 μL。PCR反应条件：94 ℃ 3 min，94 ℃ 30 s，54 ℃ 30 s，72 ℃ 45 s，32 个循环，72 ℃ 延伸 7 min。PCR 产物在1%琼脂糖凝胶（0.5×TBE缓冲液）中电泳并由Goldview（广州健阳生物技术有限公司）显色后在凝胶成像系统下观察结果，拍照并保存图片。
1.2.2 筛选STR位点及引物设计
从NCBI GenBank获得8个中国柑橘溃疡病菌株gd2, gd3, jx4, jx5, jx-6, U16, U17和gxlp16全基因组序列，分别将这8个全基因组序列提交Tandem Repeats Finder Program (Http://tandem.bu.edu/trf/trf/.html)软件上（Gary, 1999），对比分析不同串联重复序列的重复单元的碱基数，重复单位的重复次数，重复单位的重复序列是否一致，重复单位是否发生错配，每一个碱基所占比率等参数以及手动标记发生碱基变异的位置。根据上述的参数放进表格里手动调节和比对每一个重复位点的碱基，最终筛选出6个串联重复数量差异较大的位点。利用Oligo.7软件（Rychlik et al., 2007）设计引物，一对引物对应一个位点。
