rnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列特征分析
更新日期:2021-03-18     浏览次数:224
核心提示:1.1trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL序列特征分析使用筛选获得的3对通用引物对98个样本进行PCR扩增,trnL-trnF、trnH-psbA和trnT-trnL在98份甘薯样本

1.1 trnL-trnFtrnH-psbAtrnT-trnL序列特征分析

使用筛选获得的3对通用引物对98个样本进行PCR扩增,trnL-trnF、trnH-psbAtrnT-trnL在98份甘薯样本中的扩增产物序列长度分别为833~869 bp、672~726 bp、876~967 bp,将各区域对位排列后的片段长度分别为801、604、854 bp;核苷酸构成富含AT碱基,其含量分别为63.13%~63.33%、66.06%~66.17%、73.97%~74.23%,GC碱基含量分别为36.67%~36.87%、33.83%~33.94%、25.77%~26.03%。3个序列合并后,GC碱基含量31.83%~31.91%,AT碱基含量68.09%~68.17%。长度801 bp的trnL-trnF序列包括1个简约信息位点,0个单一突变位点,1个插入/缺失位点;长度604 bp的trnH-psbA序列有1个简约信息位点,3个插入/缺失位点,1个单一突变位点;序列trnT-trnL有2个简约信息位点。3个cpDNA片段合并后,对位排列长度为2256 bp,共有单一突变位点7个,简约信息位点4个,插入/缺失位点12个。3个cpDNA间隔区共有变异位点11个,其中trnL-trnF、trnH-psbAtrnT-trnL区域的变异位点分别为1个、2个和8个。trnL-trnFtrnH-psbAtrnT-trnL区域核苷酸多样性(π)和平均核苷酸差异(k)分别为0.00 025、0.00 042、0.00 055和0.449、0.478、0.732。3个cpDNA片段合并后,核苷酸多样性(π)、平均核苷酸差异(k)分别为0.00 041、0.886。