非酒精性脂肪肝疾病靶点获取
更新日期:2021-03-24     浏览次数:175
核心提示:1.1 葛根活性成分及成分靶点筛选通过中药系统药理学分析数据库(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php)检索葛根化合物成分,以药物口服生物利用度(OB

1.1 葛根活性成分及成分靶点筛选 
通过中药系统药理学分析数据库(TCMSP,https://tcmspw.com/tcmsp.php)检索葛根化合物成分,以药物口服生物利用度(OB)≥30%、类药性指数(DL)≥0.18作为条件,筛选符合条件的活性成分及其作用靶点。删除重复靶点通过Uniprot数据库(https://www.uniprot.org/)将靶点标准化,物种选择“Homo sapiens(Human)”[7]。
1.2 非酒精性脂肪肝疾病靶点获取 
在GeneCards数据库(https://www.genecards.org/)以“non-alcoholic fatty liver disease”为关键词获得疾病相关靶点,根据靶点与疾病的相关性进行筛选,保留相关性较大的疾病靶点,并通过Uniprot数据库标准化[7]。
1.3 葛根活性成分-潜在靶点网络构建 
将葛根活性成分及标准化靶点信息上传至Cytoscape 3.8.0 软件,构建葛根活性成分-潜在靶点网络[8]。
1.4 PPI网络构建
    将成分和疾病标准化靶点输入Venny 2.1.0 绘制韦恩图,获得葛根活性成分与NAFLD的交集靶点。将交集靶点导入String数据库(https://string-db.org/),物种为“Homo sapiens(Human)”,构建PPI网络(置信度0.4)。同时保存tsv格式,导入Cytoscape 3.8.0 软件进行分析,根据度值排序,筛选出核心靶点[7-9]。

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