GO分析和KEGG通路富集分析
更新日期:2021-04-12     浏览次数:202
核心提示:2.5GO分析和KEGG通路富集分析利用R语言的Cluster Profiler软件执行GO和KEGG,共富集并排列了2430条路径,其中KEGG有170条路径,表1显示了前10条路径。

2.5GO分析和KEGG通路富集分析

利用R语言的Cluster Profiler软件执行GO和KEGG,共富集并排列了2430条路径,其中KEGG有170条路径,表1显示了前10条路径。点图是根据P值大小排列的,P值越小表示该路径与疾病的相关性越强。由图5(A)可以看出,新型冠状病毒肺炎影响失眠病理发展与神经退行性疾病的途径(pathways of neurodegeneration-multiple disease)、人类巨细胞病毒感染(human cytomegalovirus infection)、流体剪切应力与动脉粥样硬化(Fluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)非酒精性脂肪肝(Non-alcoholic fatty liver disease)、乙肝(Hepatitis B)、甲型流感(influenza A)卡波西氏肉瘤相关疱疹病毒感染(Kaposi sarcoma-associated herpesvirus infection)、EB病毒感染(Epstein-Barr virus infection)、HIF-1信号通路(HIF-1 signaling pathway)等有关。通过图5(B)和表2可以了解到这些路径上的靶点如ATK1、RELA、IL1B、CXCL8、CASP3等是同时作用于许多不同的路径。通过Cluster Profiler软件包构建围棋交互网络,该网络反映了围棋术语之间的关系,根据图5(C)可以看出圆点颜色越红越大代表该路径与病理发展越明显。