1. 司法主体对个案的价值判断不一致

现有法律和相关规范性文件对相对不起诉的适用条件进行了规定，但在实践中仍然难以把握适用标准。无论是“犯罪情节轻微”还是“不需要判处刑罚”、“免除刑罚”都需要裁量判断。刑法并未规定“犯罪情节轻微”和“不需要判处刑罚”的参考依据，虽然明确规定了“免除刑罚”的特殊情节，但对其适用条件又往往规定为“应当”或“可以”、“从轻”或“减轻”，仍有较大裁量空间。2007年最高人民检察院颁布的《人民检察院办理不起诉案件质量标准（试行）》（以下简称《不起诉标准》）则以列举形式规定了可以适用相对不起诉的5种情形，以及排除适用的9种情形。但随着社会的发展和相对不起诉的扩大适用，将有更多情形被纳入考量范围，需要检察官就个案作出价值判断。如何在个别化司法的基础上实现平等化或普遍化的处理结果，是相对不起诉在实际运行中一直存在的难题。