使用CytoNCA插件对网络进行拓扑学分析
更新日期:2021-05-07     浏览次数:170
核心提示:1.3靶点蛋白相互作用网络的构建及核心靶点筛选对马钱子苷预测靶点和T2DM的差异表达基因取交集,获得马钱子苷治疗T2DM的潜在作用靶点,在Cytoscape_3.7

1.3 靶点蛋白相互作用网络的构建及核心靶点筛选

对马钱子苷预测靶点和T2DM的差异表达基因取交集,获得马钱子苷治疗T2DM的潜在作用靶点,在Cytoscape_3.7.2软件中构建药物-靶点-疾病网络。使用Cytoscape软件插件BisoGenet检索靶点蛋白间相互作用并构建靶点蛋白相互作用网络(protein protein interaction,PPI)网络,使用CytoNCA插件对网络进行拓扑学分析,点度中心性(Degree Centrality,DC)、中介中心性(Between Centrality,BC)和接近中心性(Closeness Centrality,CC)是网络核心节点的常用评价方法,本文筛选满足DC中位数2倍值、BC中位数和CC中位数等卡值要求的靶点作为核心靶点。

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