计算每个基因对基因模块特征值的皮尔森相关系数
更新日期:2021-05-18     浏览次数:238
核心提示:1.2.3基因模块与NSCLC相关性分析使用WGCNA软件包,将每一模块中所有基因的第一主成分作为该基因模块的特征值,求出基因模块与所有表型之间的关系表型

1.2.3基因模块与NSCLC相关性分析

使用WGCNA软件包,将每一模块中所有基因的第一主成分作为该基因模块的特征值,求出基因模块与所有表型之间的关系表型,筛选出与NSCLC最相关的基因共表达模块并绘制网络图:计算每个基因对基因模块特征值的皮尔森相关系数,即模块身份(Module Membership,MM),代表了该基因与模块变化的一致性,再计算基因与表型的皮尔森相关系数(Gene Significance,GS),代表了该基因与表型变化的一致性,以MM>0.9,GS>0.7作为关联性的判断标准。另外,模块重要性(MS)为模块中所有基因的平均GS值,MS排位第一的模块被认为与表型密切相关。

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