将病毒鉴定到种，临床实验室中应用最广泛的是逆转录-聚合酶链反应和实时逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）技术^[3]。PCR扩增所有的目标核酸，而不管它们是否来自完整的感染性病毒颗粒、破裂的病毒颗粒或释放的核酸，所以与其他计数病毒粒子（如透射显微镜）或测定活性病毒粒子的技术相比，可以获得的总数更高^[13]。由于PCR扩增，灵敏度优于其他方法，例如，Templeton等人^[14]发现，与传统的病毒培养和血清学相比，RT-PCR在CAP患者中诊断产量增加（分别为56.2％和14%）。RT-PCR是也目前检测SARS-CoV-2感染最常用的方法，在新型冠状病毒肺炎疫情下，RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性已经作为确诊病例的病原学诊断标准之一^[15]，它可以检测呼吸样本、唾液、血液、尿液和粪便中的病毒DNA或RNA，具有较好的敏感性和特异性，可在数小时内获得结果。该技术也可以快速用于新出现的病毒检测，如SARS-CoV-2^[16]。组合试验（即多重PCR）进一步提高了检测病毒和病毒的能力，多重PCR技术有望在肺炎快速诊断得以应用，一些以实验室为基础的创新技术的好处包括识别意外或进化中的病原体，以及病毒载量的量化，这可能有助于区分定殖和感染^[17,18]。近些年来，关于病毒基因组的最完整信息可以通过下一代测序获得，这也提供了在其他测试中表现类似的病毒或突变株之间微小差异的信息^[19]。然而，基于核酸的检测方法也有一些缺点，包括需要昂贵的热循环仪和专业人员来进行检测和解释结果。此外，控制标准对检测结果的准确性具有重要作用，由于样品降解、样品采集时间和质量、部分检测试剂盒效率低下等原因。