三维交互基因可以通过染色质环在空间上进行相互作用。研究表明染色质可形成环状结构，使线性距离较远的基因座可以在空间上密切接近[13, 14]，而这种空间上的连接是由CCCTC-结合因子(CCCTC-Binding Factor, CTCF)蛋白与黏连蛋白共同作用实现的。CTCF是一种高度保守的锌指DNA结合蛋白，介导基因组中遥远序列之间的相互作用,使染色质在空间上形成拓扑结构。研究人员曾使用Hi-C (high-throughput/resolution chromosome conformation capture)技术在9个细胞系中构建了千碱基级别分辨率的染色质相互作用图谱，发现染色质环中有相当大一部分为“启动子-增强子”环[15, 16]。本研究发现的三维交互基因NPBWR1是神经肽B/W受体，主要分布在中央杏仁核和终纹床核区域，可能与应激反应和情绪调控有关[17, 18]，Ruby Nagata-Kuroiwa等研究表明NPBWR^-/- 小鼠对物理应激的自主反应和神经内分泌性反应增强，提示NPBWR1损伤导致应激脆弱性[19]。染色质状态分析也表明rs4738884在多种细胞类型，特别是脑和神经球中发挥增强子作用，与上述结果相吻合。