1.1 噬菌体Bp38基因组基本特性分析
通过DNA Start软件中的EdiSeq对测得的基因组序列进行一般特性分析,包括基因组长度、四 种 碱 基 的 组 成 情 况 及GC含 量;利 用 tRNAscan-SE (http://lowelab.ucsc.edu/tRNAscan-SE/)查找基因组序列中的tRNA编码基因,利用 tRNAdb(http://rna.tbi.univie.ac.at/forna/)在线工具对tRNA的二级结构进行可视化[6]。
1.2 噬菌体Bp38的ORF预测及功能注释
通过NCBI中ORF finder在线工具进行全基因组的基因预测,将预测到的开放阅读框翻译成氨基酸序列,用Smart Blast将氨基酸序列与已知功能的蛋白进行比对,完成功能注释,用SnapGene软件对全基因组进行可视化分析,认识该物种的功能基因[7]。