水产品微生物检测的项目有菌落总数、大肠菌群、沙门氏菌、志贺氏菌、副溶血性弧菌、金黄色葡萄球菌、霉菌和酵母，共7种，分别有对应的国家标准作为方法指导。国家标准的检测方法全部采用常规的培养检测法。除此以外，行业标准对进出口水产品推荐了检验规程，涉及的微生物种类增多，还包括致泻大肠埃希氏菌、肉毒梭菌及肉毒毒素、单核细胞增生李斯特氏菌共3种，检测方法也采用国家标准的常规培养检测法。行业标准对其他菌种的检测推荐了较为复杂和先进的检测方法，如水产品中致病性弧菌，包括副溶血性弧菌、霍乱弧菌、创伤弧菌、溶藻弧菌、拟态弧菌共5种，采用多重聚合酶链式反应-变性高效液相色谱法进行定性，再如水产品中致病性弧菌，包括霍乱弧菌、副溶血性弧菌、创伤弧菌共3种。