1.3高通量测序分析方法

百迈客生物科技有限公司利用Illumina HiSeq高通量测序平台测序。用检测后的合格的基因组DNA稀释后作为模板。将PCR产物进行纯化和荧光定量，扩增区域为真菌的ITS1区，构建HiSeq文库并进行双端测序，构建小片段文库进行测序。通过对Reads进行拼接，同时对序列质量进行质控和过滤^[4]，得到优化序列后，进行在线数据分析。采用Usearch^[5]进行可操作分类单元（operational  taxonomic  units，OTU）聚类分析^[6]，对于相似性水平大于等于97%的OTU进行生物信息统计，其中每个OTU代表一个物种。采用朴素贝叶斯分类器对97%相似水平的OTU代表序列进行分类学分析^[7]，在各个分类水平统计样本群落的组成。利用QIIME2软件计算样本的α多样性，包括Chao1指数、ACE指数、Shannon指数、Simpson指数和Coverage值，以表征真菌群落的丰富度和多样性。采用QIIME软件计算样本β多样性距离矩阵，使用非加权组平均法算法构建树状结构。