1.3 数据分析

采用软件SeqMan拼接正反序列，根据峰图进行人工校正。采用软件BioEdit 3.3(Hall et al, 2011)编排序列，并进行格式转换。采用软件MEGA 6.0(Tamura et al, 2013)对序列进行多重排列比对，参数设置为程序默认值，手动去除序列首尾使得序列长度均一。为分析徐闻采集的四指马���的来源，从NCBI数据库下载马来西亚海域四指马���CO I序列进行分析。

线粒体CO I标记筛选结果为Kimura 2-parameter模型(K2)，线粒体D-loop标记筛选结果为Tamura 3-parameter(TN92，G=0.33)；分别采用最佳模型，基于邻接法构建单倍型系统进化树，可靠性经500次重复抽样检验；基于相应模型计算物种间的平均遗传距离。采用软件DnaSP 5.10(Librado and Rozas, 2009)对不同地理群体进行分组，并采用软件Arlequin 3.5(Excoffier and Lischer, 2010)计算不同地理群体的遗传多样性指数，包括单倍型数、多态性位点数、单倍型多样性和核苷酸多样性等。。