提取基因表达数据和相应的临床信息
更新日期:2021-11-16     浏览次数:140
核心提示:2.1. TCGA 和 GSE45267数据库中的患者信息收集HCC的转录组数据和相应的临床数据来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库,374个肿瘤和50个正常组织的mRNA表

2.1. TCGA 和 GSE45267 数据库中的患者信息收集

HCC的转录组数据和相应的临床数据来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库,374个肿瘤和50个正常组织的mRNA表达数据,以及患者的年龄、性别、分级、临床分期和 TNM 分期。

使用另一个公共数据库GSE22058 同时分析 SLC10A1 的表达,以研究 SLC10A1 mRNA 表达与无复发生存 (RFS) 之间的相关性。在该数据集中,共收集了来自香港 96 名乙型肝炎病毒 (HBV) 型HCC 患者队列的配对肿瘤和相邻非肿瘤组织的mRNA 的全基因组表达谱。 

两个数据库的纳入标准如下:(1)原发性肝细胞肝癌病理诊断;(2) 无新辅助治疗,包括化疗和放疗;(3)完整的生存资料。最后一次随访时因肿瘤死亡或复发的患者被定义为肿瘤特异性生存的临床终点。