在 STRING 数据库中进行交集基因的蛋白互作网络分析
更新日期:2021-11-24     浏览次数:178
核心提示:1.3药物-疾病交集靶点基因、蛋白构建 使用在线 Venny 平 台 ,将川芎-石菖蒲 药对靶点基因与 VCI 疾病靶点取交集,并绘制共同基因的韦恩图。在 STRING

1.3药物-疾病交集靶点基因、蛋白构建 使用在线 Venny 平 台 ,将川芎-石菖蒲 药对靶点基因与 VCI 疾病靶点取交集,并绘制共同基因的韦恩图。在 STRING 数据库中进行交集基因的蛋白互作网络分析,并将 PPI 结果导入 Cytoscape 进一步 可视化分析,根据 PPI 网络的点度中心性(degree)进行核心靶点筛 选。 1.4靶点的生物功能和通路富集分析 利用 metascape 平台对共同靶点进 行 GO 分析和 KEGG 分析,探寻川芎-石菖蒲药对治疗 VCI 的生物功能 和主要信号通路。选出相关性显著的 GO 注释和 KEGG 通路,借助微生 信云平台绘制 GO 柱状图和 KEGG 富集气泡图。

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