1.1 cox1 基因扩增与测序
根据文献,以虫体DNA为模板扩增其线粒体COX1基因序列片段[12]。
反应程序为:预变性94℃,3min;变性98℃,10s,退火55℃,30s,延伸温度为72℃,1min,共35个循环;后延伸温度为72℃,5min、4℃保存。
取5μl PCR 产物直接加于点样孔中,用Good View Nucleic Acid Stain染色,于1%的TAE中琼脂糖凝胶电泳30min,将凝胶置于紫外投射仪下观察结果,凝胶成像系统摄像。切取目标条带通过胶回收纯化后将扩增产物克隆到pMD18-T载体上,用蓝白菌落筛选法鉴定阳性克隆。PCR进一步证实。然后送由北京六合华达基因科技有限公司对阳性克隆进行测序。
1.2 西藏绵羊阴茎骆驼圆线虫分离株线粒体 cox1 基因序列分析
利用DNAMANV6软件对cox1基因测序结果进行序列分析,并与Genbank中同种线虫和其他线虫进行种内和种间比对。利用Mega7.0软件中的邻位相连法(Neighbor-Joining,NJ)反复运算1000次,选取最佳模型,绘制种系进化树。