用Network Analyzer功能进行分析
更新日期:2021-12-22     浏览次数:121
核心提示:1.3PPI网络构建、模块分析、GO富集分析与KEGG通路分析 将1.2所述药物-疾病共同靶点导入String数据库[35](https://string-db.org/)中,限定物种为Hom

1.3PPI网络构建、模块分析、GO富集分析与KEGG通路分析  

将1.2所述药物-疾病共同靶点导入String数据库[35](https://string-db.org/)中,限定物种为“Homo sapiens”,选择minimum required interaction score为highest confidence(0.900),隐藏网络中未连接的节点,其余参数保持默认设置,构建PPI网络,下载SVG格式图片。将上述靶点导入metascape[36](http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1)中,输入及分析物种均为“Homo sapiens”,对靶点进行模块分析与GO分子功能(GO Molecular Functions)、KEGG途径(KEGG Pathway)、GO生物过程(GO Biological Processes)、GO细胞组成(GO Cellular Components)分析,将输出结果导入Origin 2021软件绘制气泡图。

1.4“中药-化学成分-作用靶点”网络的构建和分析

 将1.2所述药物-疾病共同靶点导入Cytoscape 3.8.2软件,用Network Analyzer功能进行分析,并按degree值设置药物、靶点、化学成分标志大小,节点(node)代表药物、靶点及化学成分,边(edge)代表药物、靶点、化学成分之间的关系,构建“中药-化学成分-作用靶点”可视化网络,并导出PNG格式图片。

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