1.5 海岛污水处理率较低

海岛经济相对落后，人口较少，除少数面积较大、人口数量较多的海岛外，与内陆农村地区相比，海岛地区对污水的处理效率要低很多。大部分海岛的污水得不到妥善有效的处理，有些甚至是未经处理就直接排放到大海中。

海岛地区大多是农村，海岛生活污水比较分散，很多是就近排放，排放方式分散、混乱、无序，污染范围比较广。很多面积较小的有居民海岛，村庄多靠近海边，污水大多直接排放入海，对海岛周边海域造成局部的污染。

1.6 海岛污水处理设施容易受海水倒灌影响

许多海岛高程较低，地势比较平缓，特别是靠近海边的居住区，为了有效收集与处理污水，污水处理设施有时埋藏在地下，如地埋式一体化污水处理设施、接触氧化池等，高潮或台风期间容易引起海水倒灌，造成处理设施的微生物群落崩溃，影响污水处理效果。