由于公寓辅导员作为一个全新的岗位，工作体系建立还不健全。多数高校采用的是辅导员入住学生公寓的方式建立公寓辅导员队伍，尽管这种制度有效的扩大了公寓辅导员的队伍，一定程度上缓解了高校公寓辅导员队伍人数不足的问题，但是这些兼职的公寓辅导员在担任 1-2 年辅导员工作后，最终回到专业上去，缺乏对学生公寓的归属感。同时专职辅导员还有自己的专业任务，还有多个班的带班任务以及其他许多工作要做，整天忙于事务，很难再有时间、精力去融入到公寓辅导员本职工作中。这种短期行为缺乏长远打算，无法形成公寓辅导员的专业化队伍，不利于培养这方面的专家和研究人员，最终导致公寓辅导员队伍不能良性循环^‎[3]。

除此之外，对于公寓辅导员的能力培养缺乏足够的重视，缺乏对公寓辅导员在业务方面的培训。公寓辅导员的培训工作是个系统工程，要科学制定培训计划，因缺乏专项经费，没有足够的岗前培训、专题培训等无法提高公寓辅导员的专业理论水平与业务能力。