向列相液晶分子具有长棒状结构，在分子动力学模拟中可视为椭球型，长轴方向为分子的指向矢方向。本文研究中所使用的82832分子式为C₂₁H₃₀F₂，常温下是白色块状固体，密度为1.023g/cm³，具体分子结构，三个苯环使得分子形状为长棒形，具备向列相液晶相的特点，属于大分子量向列相液晶材料。

液晶材料的分子动力学模拟相比于其他材料要复杂，由于分子指向矢的存在，液晶分子的运动包括质心平动与指向矢转动两类。建模时，平动分析以分子几何中心为质点，每个分子所受合外力与合外力矩分别为：

运用适用于液晶材料分子动力学模拟的Gay-Berne（简称G-B）力场，推导后可得分子合外力与合外力矩表达式。推导过程中，势能参数的设置至关重要，G-B势能力场的大小与分子位置、运动形式有关。由于液晶分子形状的特殊性，分子排列比较复杂，目前，G-B势能力场计算时考虑了四种特殊排列方式：边对边、头对头、交叉和T型，具体排列方式。