目前对城市的创新效率研究，侧重城市创新效率的评价、影响因素以及空间变化特征分析。部分学者分析了中国各大城市群和部分省份内部城市的创新效率。曹贤忠、曾刚和邹琳（2015）认为长三角城市群研发资源的投入产出效率总体较低，但呈上升趋势；产出效率差异程度逐渐缩小，但空间格局变化较大；城市之间的Malmquist 指数差异较大。李梦琦、胡树华和王利军（2016）以及朱丽霞等（2019）都测算了长江中游城市群的创新效率，均得出了长江中游城市群综合创新效率整体较高的结论。朱丽霞等（2019）的测算结果还显示长江中游城市的综合技术效率呈“东弱西强”梯度分布，Malmquist 指数呈增长态势；驱动因素具有空间异质性。朱鹏颐、刘东华和黄新焕（2017）的研究结果表明是福建省多数城市科技创新效率 DEA 无效，效率提升空间较大；Malmquist 指数分析表明，技术进步阻碍了全要素生产率的提高。