1.1 基因组DNA提取

将在液氮中保存的水样滤膜及池塘沉积物样本，按照DNA Isolation Kit（MoBio Laboratories，Carlsbad，CA）试剂盒说明书进行微生物组DNA 提取。将提取到的 DNA 用 1%琼脂糖凝胶电泳和分光光度法检测 DNA 质量和浓度，质检合格的样本存贮在-80℃冰箱中备用。

1.2 文库构建与测序

检测合格的 DNA 样品用 Covaris 超声波破碎仪将基因组随机打断成长度约为 350bp 的片段，经末端修复、加 A尾、加测序接头、纯化、PCR 扩增等步骤完成整个文库制备。文库构建完成后，先使用 Qubit2.0 进行初步定量构建完成的文库，并将文库稀释至 2ng/µL，然后使用 Agilent 2100 检测文库的插入片段，插入片段符合预期后，使用 Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量（文库有效浓度＞3nM），以保证文库质量。文库检测合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量的需求 pooling 后进行 Illumina PE150 测序。