微生物分离的完整步骤包括获得微生物、纯化、鉴定和菌种保藏。为了筛选获得对蓝莓有抗病促生作用的内生真菌，本实验选择了蓝莓根系为实验材料，通过实验材料的预处理、转接、培养、纯化、形态观察和菌种保藏，获得蓝莓根部内生真菌。将实验课20名学生随机分组，四名同学为一组。各小组成员进行独立操作实验，分工合作，同时实验过程中出现的问题需要同学自己想办法解决。在蓝莓根系预处理的过程中，需要杀灭根部表面的微生物，暴露蓝莓根内部组织。但是如何做到既能杀死根表面的微生物，又对根内部的微生物不造成伤害，消毒时间的选择非常关键。于是全班同学分工协作，将次氯酸钠对根的消毒时间的处理实验分为5 min、10 min、15 min和20 min，每一个小组选择一个时间处理来操作。在植物内生真菌的分离纯化环节，同学们需要严格按照无菌操作的要求，熟练地操作获得纯菌种。