全国各地市均已经建立工程建设项目审批管理系统，流程要素，阶段要素，事项要素基本结构化配置到系统中。但是，仍未达到“横向到边，纵向到底”，区县推广应用不足。市本级层面工改事项要素基本全部配置，个别区县只有几个事项要素完成配置，未实现“全流程，全覆盖”。在审批时间上，系统中记录的审批时间与纸质卷宗中记录的审批时间差异较大，导致这种情况出现的主要原因是线下审批，后期在系统中补录。这也导致了工程建设项目审批管理系统使用率偏低，个别地市依托工程建设项目审批管理系统审批项目办件数量少。在审批过程中，由于工程建设项目涉及审批事项较多，涉及审批部门多，例如立项用地规划许可阶段，自然资源与规划部门作为牵头单位，部分审批事项依然在自然资源与规划部门内部系统进行审批流转，未与工程建设项目审批管理系统做好对接，导致重复录入。