CytoHubba插件进行差异基因
更新日期:2022-07-13     浏览次数:138
核心提示:1.3 交集靶点的获取 利用Venny 2.1在线工具绘制药靶点和胆汁淤积靶点的韦恩图,获得其交集靶点。1.4 PPI网络构建与功能Gene ontology (GO)注释及通路

1.3 交集靶点的获取  利用Venny 2.1在线工具绘制药靶点和胆汁淤积靶点的韦恩图,获得其交集靶点。

1.4 PPI网络构建与功能Gene ontology (GO) 注释及通路富集分析Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)

将1.3获得的交集靶点利用STRING,其实置信度得分高于0.4为显著相关。结果在Cytoscape软件中进行可视化分析,CytoHubba插件进行差异基因的上调及下调基因中关键基因的筛选,取Degree算法得分,分别选取得分前10个基因确定为关键基因。

DAVID数据库进行GO功能分析,包含了生物过程(biological process,BP)、细胞成分(cellular component,CC)和分子功能(molecular function,MF)3个功能类别,同时进行KEGG通路富集分析。

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