1、缺乏使命、核心价值观、愿景和战略的引导。虽然绩效管理越来越受到医院管理者的重视，但是大部分医院并没有将绩效管理与医院文化，战略目标相结合。并且仍有大多数的员工简单的将绩效管理等同于发奖金，而没有意识到绩效的最终目标在于实现个人、医院的共同发展和医院的战略目标。

2、绩效方案过多的偏重于量的增长而忽视了成本的控制和质的提升。一些医院盲目追求工作量的增长，而忽视了人员、设备的等成本的投入。绩效方案对量的倾斜，也造成部分科室对服务质量、病人满意度的忽视，使得医患矛盾进一步加深，与医改的初衷背道而驰。

3、难以满足不断变化的临床业务的需求。绩效管理模式一旦定下之后，基本处于长时间固定不变的状态，没有根据医院所面临的新形势，科室的业务实际而进行灵活动态调整。如2019年DRG医保结算支付推行后，原根据传统的按医疗服务项目收（付）费的绩效管理模式若不进行相应调整，医院的发展将面临瓶颈。