采用FastDNA® SPIN Kit for Soil（MP Biomedicals, USA）试剂盒进行水体和沉积物总DNA的提取。使用引物338F（5-ACTCCTACGGGAGGCAGAG-3）和806R（5-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3）扩增细菌16S rRNA基因的V3-V4高变区。测序得到的原始序列通过拼接、过滤去除非特异性扩增序列及嵌合体后得到有效序列。利用QIIEME软件将相似度>97%的序列定义为一个操作分类单元（OTU），采用RDP classifier对OTU进行物种分类。

1.3 数据分析

使用测序公司提供的在线软件包(Majorbio cloud, https://cloud.majorbio.com/)进行相关数据分析。稀疏数据集（比较样本之间的最低读取数）用于α和β多样性比较。利用MOTHUR计算α多样性。细菌群落柱状图用于比较所有样本的细菌群落结构，样本之间的相似性通过主坐标分析(PCoA)来衡量。使用Vegan进行环境因子与细菌群落的冗余分析（RDA）。