设计亚硫酸氢盐扩增引物
更新日期:2022-08-29     浏览次数:132
核心提示:1.2.3 MSTN基因甲基化检测结直肠癌患者和健康对照人群全血DNA通过血液基因组DNA提取试剂盒进行提取,详细步骤见说明书(天根,DP348)。提取的DNA经过

1.2.3 MSTN基因甲基化检测

结直肠癌患者和健康对照人群全血DNA通过血液基因组DNA提取试剂盒进行提取,详细步骤见说明书(天根,DP348)。提取的DNA经过亚硫酸氢盐处理,详细步骤见说明书(ZYMO Research,D5005),回收处理后的DNA作为模板扩增MSTN基因启动子区的CpG岛,反应体系为:EpiTaq酶0.25μL,10×Epi Buffer5μL,Mg2+5μL,dNTP Mixture(2.5mM)6μL,模板DNA1μL,上下游引物各1μL,反应条件如下:95℃ 30sec, 58℃ 30sec, 68℃ 30s(35 cycles) →68℃ 7min→4℃。以第一轮扩增产物为模板进行第二轮PCR扩增,反应体系及反应条件同上。获得的PCR产物通过琼脂糖凝胶回收试剂盒回收,连接(Solution I 5μL+目的片段4μL+pMD-19T vector 1μL 16℃过夜连接)到pMD-19T vector上,转化E.coli DH5α感受态细胞涂平板过夜,挑菌并摇菌,最后将阳性菌液送去测序。将测序序列与基因组原序列比对,用QUMA(Quantification tool for Methylation Analysis)在线软件作图,分析MSTN基因启动子区和基因体区的甲基化程度。