审稿意见

一、引言部分

文章《多肽稳定性的AI预测和修饰策略》的引言部分对多肽药物的背景、重要性及其面临的挑战进行了全面而深入的介绍。作者明确指出多肽药物具有亲和力强、选择性高、免疫原性低等优点，但稳定性问题限制了其成药性。这一引言不仅为全文奠定了基调，也凸显了研究多肽稳定性预测和修饰策略的重要性。此外，作者还简要概述了基于人工智能的多肽稳定性预测在提高多肽药物研发效率方面的潜力，为读者提供了研究的背景和动机。

二、多肽稳定性的影响因素及现有研究

影响因素分析：作者详细分析了影响多肽稳定性的多种因素，包括体外稳定性和体内稳定性。这部分内容逻辑清晰，层次分明，有助于读者理解多肽稳定性问题的复杂性。
现有研究综述：文章对基于人工智能的多肽稳定性预测研究进行了系统的综述，包括多肽制剂稳定性、体外稳定性、胃肠道稳定性以及胰岛素类似物的药代动力学参数预测等方面的进展。这一综述不仅展示了当前研究的广度和深度，也为作者后续的研究提供了坚实的理论基础。
三、多肽稳定性的人工智能预测

预测流程与方法：作者详细介绍了基于人工智能的多肽稳定性预测的一般性流程，包括数据集建立、特征表示、模型预测和模型评价等步骤。同时，还具体介绍了多种机器学习算法和深度学习模型在多肽稳定性预测中的应用。这部分内容具有较高的技术性和实用性，为读者提供了详细的操作指南。
实例分析：作者通过具体的实例展示了人工智能在多肽稳定性预测中的应用效果，包括使用多层感知机预测多肽制剂的总降解率、使用随机森林预测多肽的百分制剂标示量等。这些实例不仅验证了人工智能预测方法的准确性和有效性，也为后续研究提供了宝贵的参考。
四、提升多肽稳定性的方法

分子结构优化：作者介绍了通过环化、非天然氨基酸取代等方法来优化多肽的分子结构，从而提高其稳定性。这部分内容详细阐述了各种优化策略的原理和效果，为读者提供了全面的技术指导。
制剂策略：除了分子结构优化外，作者还介绍了通过开发微球注射剂、脂质体注射剂等长效多肽药物递送系统来提高多肽的稳定性和生物利用度。这部分内容展示了多肽药物制剂策略的多样性和创新性。
五、总结与展望

总结：作者对全文进行了总结，强调了基于人工智能的多肽稳定性预测在提高多肽药物研发效率方面的重要作用，并指出了当前研究存在的挑战和不足。
展望：作者对未来研究方向进行了展望，包括开发更精准、更富有生物学理解的新模型、关注多肽口服给药稳定性以及深入理解多肽稳定性背后的生物学机制等。这些展望不仅为读者提供了研究思路，也为多肽药物领域的发展指明了方向。
六、建议与改进

语言表达：文章整体语言表达清晰、准确，但在某些地方仍存在一些表述不够简洁或流畅的问题。建议作者在后续修改中进一步优化语言表达，提高文章的可读性。
图表使用：文章中使用了大量的图表来展示数据和结果，这对于读者理解文章内容非常有帮助。但建议作者在后续修改中注意图表的排版和格式统一，以提高文章的整体美观度。
参考文献：文章在引用参考文献时存在一些格式不规范的问题，如缺少期刊名称、卷号、页码等信息。建议作者在后续修改中仔细核对参考文献格式，确保符合期刊要求。
综上所述，本文是一篇具有较高学术价值和实践意义的论文。作者在多肽稳定性预测和修饰策略方面进行了深入而系统的研究，为多肽药物领域的发展做出了重要贡献。因此，我建议《生物信息学》期刊接受此稿件并予以发表。