1.耕地资源日益严峻
我国城镇化率每提高一个百分点占用耕地287万亩。1996-2008年，全国耕地共减少838.8×104hm2，仅2001-2005年就减少了616.4×104hm2。截至2014年底，全国共有农用地64574.11万公顷，其中耕地13505.73万公顷，因建设占用、灾毁、生态退耕、农业结构调整等原因减少耕地面积38.80万公顷，通过土地整治、农业结构调整等增加耕地面积28.07万公顷，年内净减少耕地面积10.73万公顷。我国人均耕地仅为1.48亩，且整体质量偏低，平均质量等别为9.97等，高等地所占比例不到30%[1]。
2.建设用地闲置浪费
土地非农化利用大量征收耕地用于建设用地，由于投资开发强度不足，导致土地闲置和低效利用，存在“开而未发、圈而未用、批而未建”现象，造成极大的浪费。1996-2008年，建设用地由2955×104hm2增至3305×104hm2，增幅达11.8%，年均增长29.2×104hm2。2014年全国失地农民总数达1.1亿人，失去土地的大量农村劳动力非农化转移，带来农村经营主体老弱化问题，也导致以宅基地废弃闲置为主要特征的农村空心化加剧发展。
（二）多类规划并存且各自为政，乡镇土地利用规划实用不强
1.多类规划并存土地利用矛盾冲突不断
在我国目前有国民经济与社会发展规划、土地利用总体规划、村镇总体规划等多种类型规划指导村镇的发展建设，由于各类规划主导部门不同，规划年限、范围等不一致，调控重点及功能定位各异，存在“规出多门，各自为政，相互打架”等突出问题。在不同调控重点之下，即使对同一空间同一地块的功能定位也会各不相同，再加上在规划空间范围及规划期限上各类规划存在的较大差异，导致土地利用矛盾冲突不断[2]。
2.现行乡镇土地利用规划指导意义不大
我国现行乡镇土地利用规划实行自上而下的指标控制，指标偏重强调保护耕地，未能充分考虑经济快速发展的实际，各类指标分配有失合理，实施到位难度较大。同时现行规划与其他规划的衔接和协调不够，甚至交叉矛盾，造成土地利用规划难以实施到位，规划的实用性不强。面对不同区域、不同对象的乡镇，其土地利用规划编制的内容、深度、模式、方法应不尽相同，而现行乡镇土地利用规划的修编由于缺乏明确的编制思路和技术操作规程，缺乏超前意识和规划理念，致使规划模式千篇一律，方案缺少地方特色，规划的操作性不强。现行乡镇土地利用规划的公众参与面窄，参与深度不够，公众真正参与规划的内容非常有限，基本上停留在关切自身利益（如宅基地）的部分内容以及规划编制成果的公示层面，在规划实施的监督方面，尚未建立起有效的社会公众制约机制，规划的参与度不足[3]。
（三）土地流转市场机制不完善，土地确权工作难以落到实处
我国村镇土地流转市场机制发育不完善，导致土地流转交易过程和行为不规范，造成不少的土地流转纠纷。自2012年，我国就已全面推动农村土地确权工作，有力地促进了农村土地流转和农业现代化的发展，但其推进过程中也困难重重。
1.土地流转市场机制不完善
我国大多数农村土地流转市场存在信息流通不畅、价格机制不健全、交易信息不对称、不确定因素众多等特征，土地流转的供给和有效需求不足，农户与农户之间进行的自发的、零散的、无序的土地流转使得农村土地资源配置效率不高。土地在流转过程中，仅以口头方式达成协议没有书面合同，即便签订合同也存在着责、权、利关系没有明确的规定、合同手续不规范、未经土地所有者村集体的同意也没有向集体备案等缺陷，不具有法律效力，流转过程不规范。这些不规范的流转行为得不到土地管理部门有效监控，出让方与受让方的利益协调机制不健全，极易引发土地流转利益矛盾[4]。
2.土地确权工作难以真落实
在全面推进农村土地确权工作的情况下，诸多问题导致土地确权工作困难重重，难以落到实处。我国农村地区大多留守的是文化素质相对较低的老人和未成年人，他们更关注的是土地流转金额的限制、土地占用的补偿规定等直接利益问题，而对附着于土地的诸多权利并不关心，导致很多地区由于农民对于土地权证的作用和意义认识不足，参与土地确权的积极性不高。农户私自耕作的荒山、荒沟、荒丘、荒滩土地的权利归属很难落实，村民私自占用耕地、滥用建设用地等现象也阻碍了农村土地确权工作。此外，由于土地确权工作的顺利执行需要先进的勘察和测绘技术，而资金和技术人员的欠缺也影响了土地确权的精准度[5]。
（四）土地利用占补不平衡，普遍存在占多补少、占优补劣现象
我国从2004年开始实施城乡建设用地增减挂钩政策，在一定程度上满足了地方经济社会发展带来的城镇建设用地急剧的需求。由于该模式改变了传统的土地利用方式与结构，并引起了既有的土地权属与经济关系的变动，再加上地方政府对挂钩政策初衷存在着理解不到位、认识有偏差、做法不规范、管理有缺陷等问题，导致盲目推进增减挂钩，出现土地利用占补不平衡现象。
1.周转指标不平衡
城乡建设用地增减挂钩政策要求每一个县都追求耕地的占补平衡，通过项目区内“拆旧建新”实现建设用地周转指标的平衡。目前我国各个地方一般对耕地采取“先占后补”的利用方式实现耕地的“占补平衡”，但数据作假、反复开垦退耕还林的现象却不容忽视。2007年全国建设占用耕地为282.4万亩，补充耕地为293.8万亩，名义上实现了占补平衡，但国土资源部在同期进行的违法用地调查中却发现，当年全国有24.5万亩耕地未经批准而被占用。国土资源部在2010年5月对增减挂钩试点省份进行调研后，发现第一批试点截至2009年底，仅拆旧复垦耕地5.58万亩，仅占下达周转指标的80%[4]。
2.占补质量不守恒
村镇周边的耕地多是耕地中的精华，但是在快速工业化和城镇化的过程中，很多优质耕地都被盲目划为城镇建设用地。虽然第三轮土地利用总体规划开展了基本农田的规划，但普遍将城镇周边和区位条件好、交通便捷的优等耕地划分为有条件建设区，导致耕地占补平衡过程中“占优补劣”的现象普遍发生[6]。
