（一）纳税评估的法律地位不明确。目前，纳税评估在法律法规层面上的规定尚是空白，《税收征管法》及其实施细则等法律、行政法规中都没有纳税评估的表述。总局《纳税评估管理办法（试行）》 仅仅是一个规范性文件，法律层级较低。由此，不断引起纳税人以及人大代表、政协委员的质疑，大多数税务机关也不敢名正言顺地单独设立纳税评估机构，不少从事纳税评估的税务干部也是心有顾虑，不敢理直气壮地开展工作。但是，纳税评估又是税务机关加强税收管理的重要手段和方法，在税收实践中大量存在，并且随着风险管理的逐步深入，作为风险应对的主要方式，有进一步强化的趋势。在此情况下，若没有明确的法律规定，特别是纳税评估行为具有可诉性后，纳税评估将处于更加尴尬的境地，同时也面临更大的执法风险。
（二）纳税评估与税务稽查的关系尚未理顺。多年来，纳税评估与税务稽查的关系如何处置才能避免职能交叉重叠、减少重复劳动而一直困扰着税务机关。以前，二者的关系还算比较明确，如税务稽查属于现场检查,主要通过查账、询问、现场勘查、异地调查等方式,以判断纳税人是否存在税收问题;税务稽查主要涉及纳税人以前年度的纳税情况,稽查期一般视案情的复杂程度而定。而纳税评估是属于非现场检查,主要通过案头审计、约谈纳税人等方式进行; 纳税评估主要涉及纳税人当前年度的纳税情况；在纳税评估中,纳税评估员一般不进行实地检查和查看纳税人的账册。现在，纳税评估与税务稽查的区别越来越小，二者日益同质化。
（三）纳税评估面临一些制度性执法风险。目前，纳税评估的执法风险主要表现在以下方面：一是由于缺乏法律依据而备受质疑。二是纳税评估程序和执法文书既不统一，也欠规范。有的认为既然纳税评估是内部行政行为，留存的执法资料越少越好，在纳税评估过程中，对必要的约谈举证记录、纳税评估自查情况表、举证材料签收单等执法文书也不作统一要求。还有的将应由纳税人自查自纠填报的《纳税评估自查情况表》改为由税务机关直接填写《纳税评估建议申报缴税清单》，然后再让纳税人按税务机关建议的补税额进行补申报，将本应由纳税人承担的法律责任转嫁到税务机关，增加了税务机关的执法风险。三是纳税评估移交稽查的标准过于宽泛。按照《山东省国家税务局关于深化纳税评估工作的意见》（鲁国税发〔2001〕206号）之附件《纳税评估环节向税务稽查局移交案件线索的暂行标准》的规定，几乎所有的纳税评估案件都要移交税务稽查。若严格照此办理，将会有大量应移交而未移交税务稽查的纳税评估案件，面临较大的执法风险。四是规范进户执法与连续红色预警的矛盾不好协调。《国家税务总局关于进一步规范税务机关进户执法工作的通知》（税总发〔2014〕12号）规定：“在同一年度内，除涉及税收违法案件检查和特殊调查事项外，对同一纳税人不得重复进户开展纳税评估、税务稽查、税务审计；对同一纳税人实施实地核查、反避税调查、日常检查时，同一事项原则上不得重复进户。”但实际工作中，纳税人被连续红色预警的情况屡屡发生。若等到第四季度统一实施纳税评估，第四季度纳税评估的工作量将特别大，工作质量难以保证。若第一季度对纳税人实施了纳税评估，以后季度该纳税人又被红色预警，是否就放任不管？同时，为做到“一次进户，各税统评”，以前，可以在上半年对单纯的增值税纳税人发起纳税评估，下半年对混合纳税人发起纳税评估。随着国地税征管体制改革的逐步到位，单纯的增值税纳税人将不复存在，若一律等到下半年发起纳税评估，上半年将无事可做，除非跨年度发布预警信息，但增值税预警的及时性将失去意义。五是对纳税评估发现的涉税问题免予处罚的法律依据不足。现行《征管法》仅对“因计算错误等失误”造成少缴税款予以免责，而在《纳税评估管理办法》中，因“政策和程序理解偏差等一般性问题,或存在的疑点问题经约谈、举证、调查核实等程序认定事实清楚,不具有偷税等违法嫌疑,无需立案查处的”也给予了免责，超出了《征管法》的免责范围。
（四）纳税评估的机构和人员配置不到位。建立专门的纳税评估机构，配备高素质的纳税评估队伍，是推动纳税评估工作向纵深发展的关键。在国外，大凡纳税评估搞得较好的，无不如此。例如，新加坡成立了独立的评税部门，并分别设有税务处理部、纳税人服务部、公司服务部、纳税人审计部和税务调查部，各部门职能界定明确，各司其职。法国设有专门的税务审计机构，分为中央级、大区级和地区级，其审计则以各级税务局的管辖范围为界，各负其责。德国联邦财政部和州财政局也下设了税务审计局。澳大利亚的纳税评估机构和稽查机构是分设的。相比之下,我国的纳税评估，无论是机构设置还是人员配备都相差甚远。一是受机构编制的限制，基本都没有设置独立的纳税评估机构，多是挂靠在税源管理部门。二是专业化人才严重不足。尽管各级普遍建立了专业化的纳税评估团队，但大多属于松散型的团队，团队成员并不是专职负责纳税评估，至少2/3的人员还兼职其他工作，真正在一线与纳税人博弈的专业人员严重不足。同时，团队中复合型人才有限，成员也仅限于税务人员，没有吸纳研究机构、行业协会、管理部门等方面的专家人员，整体的业务技能、知识水平与复杂、繁重的工作任务相比还存在较大的差距。
