1.3利用GEPIA及Kaplan-Meier Plotter数据库进行预后分析

我们利用GEPIA数据库分析CASK基因在肝细胞癌中的预后意义。设定条件为：（1）基因：CASK；（2）数据集:LIHC;（3）方法：总体生存；（4）分组方式：依据中位数分为高表达和低表达组。在Kaplan-Meier Plotter数据库中的mRNA RNA-seq项中选择肝癌，输入基因名称CASK，设置为默认的自动选择截断值进行绘图^[12]。

1.4利用STRING数据库分析CASK互作蛋白

登录 STRING 数据库，搜索与CASK相互作用的蛋白质，使用cytoscape软件建立蛋白质相互作用网络图。利用 DAVID 数据库( https: / / david．ncifcrf．gov /summary.jsp) 对包含CASK蛋白在内的 21 种蛋白质进行 GO 功能富集分析，包括可能参与的生物学过程及分子功能分析^[13]。

1.5 利用cBioportal进行CASK基因在肝细胞癌中的的突变分析

我们使用cBioportal网站分析CASK基因在肝细胞癌中的突变情况，设置条件：①肿瘤类型: 肝细胞癌; ②数据类型: RNA-seq V2 ; ③ 基 因:CASK^[14,15]。

2.结果

2.1 CASK在肝细胞癌患者中的过度表达

为了探讨CASK在肝细胞癌患者中的预后和潜在治疗价值，先后使用Oncomine数据库(https://www.oncomine.org)，UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu)以及GEPIA数据库（http://gepia.cancer-pku.cn/index.html）分析了CASK的表达水平。首先利用Oncomine数据库检测了20种癌症中CASK的表达，并与正常组织进行了比较。关于CASK在肝细胞癌中的表达差异研究共有4 项研究结果有统计学意义( 图1，P ＜0.001），其中3项均提示CASK在肝细胞癌中的表达量增高。接下来，我们进一步利用UALCAN对CASK的表达模式进行了研究，其所有数据来自TCGA的31种肿瘤类型数据库中的3RNA-seq水平和临床数据，该数据库不同于Oncomine数据库。UALCAN数据库分析结果显示CASK在肝细胞癌中呈显著高表达（图2A，P<<1E-12），差异有统计学意义。GEPIA数据库结果同样显示CASK在肝细胞癌中呈显著高表达（图2B，P<0.05)，差异有统计学意义。