基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病性视网膜病变的作用机制
更新日期:2020-12-08     来源:天津医药   作者:韩梦雨  浏览次数:173
核心提示:1.1黄芪有效成分及靶点的获取与筛选中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)是一个提供药物、疾病与靶标关系的数据库,

1.1 黄芪有效成分及靶点的获取与筛选

  中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)是一个提供药物、疾病与靶标关系的数据库,为研究中药有效成分的作用机制提供了一个平台[15]。我们通过TCMSP平台收集黄芪的药物成分,在这个过程中记录了90个化合物。通过口服生物利用度(oral bioavailability ,OB)>30%[16]及类药性指数 (drug likeness ,DL)>0.18[17]建立提取条件,获得黄芪有效活性成分及作用靶点。然后利用Perl软件(V5.28.1)和UniProt知识库(https://www.uniprot.org/)对筛选目标进行基因命名。

1.2 DR靶点的检索与筛选

通过GeneCards(https://www.genecards.org/)及在线孟德尔遗传(OMIM, https://data.omim.org/)数据库进行检索,以“diabetic retinopathy”为关键词,获得DR相关的疾病靶点基因,搜索条件设置为“Gene”和“Homo sapiens”。 

1.3 蛋白互作(protein-protein interaction ,PPI)网络及“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”可视化网络的构建

通 过 Venny2.1 在 线 工 具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/ venny/)对药物潜在作用靶蛋白和DR基因进行映射,筛选出黄芪治疗DR的靶点。将获得的黄芪潜在治疗靶点导入 STRING数据库(https://string-db.org/),选择物种为“Homo sapiens”;采用Cytoscape 3.7.2 软件对数据进行分析,并绘制“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络。