1.1 黄芪有效成分及靶点的获取与筛选
中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP,http://tcmspw.com/tcmsp.php)是一个提供药物、疾病与靶标关系的数据库,为研究中药有效成分的作用机制提供了一个平台[15]。我们通过TCMSP平台收集黄芪的药物成分,在这个过程中记录了90个化合物。通过口服生物利用度(oral bioavailability ,OB)>30%[16]及类药性指数 (drug likeness ,DL)>0.18[17]建立提取条件,获得黄芪有效活性成分及作用靶点。然后利用Perl软件(V5.28.1)和UniProt知识库(https://www.uniprot.org/)对筛选目标进行基因命名。
1.2 DR靶点的检索与筛选
通过GeneCards(https://www.genecards.org/)及在线孟德尔遗传(OMIM, https://data.omim.org/)数据库进行检索,以“diabetic retinopathy”为关键词,获得DR相关的疾病靶点基因,搜索条件设置为“Gene”和“Homo sapiens”。
1.3 蛋白互作(protein-protein interaction ,PPI)网络及“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”可视化网络的构建
通 过 Venny2.1 在 线 工 具(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/ venny/)对药物潜在作用靶蛋白和DR基因进行映射,筛选出黄芪治疗DR的靶点。将获得的黄芪潜在治疗靶点导入 STRING数据库(https://string-db.org/),选择物种为“Homo sapiens”;采用Cytoscape 3.7.2 软件对数据进行分析,并绘制“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络。