2.1 肝癌细胞迁移基因的筛选
对GSE84005和GSE12941两个芯片数据进行整合和分析，我们从肝癌与相邻非肝癌组织这两个分组中共筛选出了855个差异基因，与非肝癌组织相比，肝癌组织中有482个下调基因、373个上调基因(图1a)。将差异基因提交到STRING在线平台，通过功能富集分析发现50个与肝癌细胞迁移相关基因,其中上调19个。
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表1 50个与细胞迁移相关基因 Table 1 The 50 cell migrate genes |
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差 异 基 因 |
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上调 CD24 ANLN THBS4 ITGA6 LAMC1 MDK ITGA2 CCL20 MMP12 CDK1 FAM83D DEPDC1B ASPM NRCAM CDH13 FAT1 ROBO1 SLC7A11 CD34 下调 ID1 AXL PIK3C2G ITGA9 S100A8 TEK SELL SELP PTPRC THBS1 PDGFRA ENG CYR61 RELN CD244 CXCL2 CXCL12 VCAM1 CXCL14 CCL19 P2RY12 EDNRB CCL21 SAA4 GPM6A HGF DBH SAA1 APOA1 EPHA3 SLC7A8 |
2.2 生存曲线分析
利用在线分析工具GEPIA2对上述基因进行生存预后分析（图3）。从Kaplan-Meier生存曲线的结果中可以认为CXCL2基因(HR＝0.6,P=0.004)、41)、DEPDC1B基因(HR＝1.7,P＝0.004)、ITGA2基因(HR＝1.5,P＝0.022)、SLC7A11基因(HR＝1.8,P＝0.001)、ROBO1基因(HR＝1.6,P＝0.014)、FAM83D基因(HR=1.7,P=0.004)、ANLN基因(HR=1.8,P=0.001)、ASPM基因(HR=1.8,P=0.001)和CDK1基因(HR=2,P=0.000)对肝癌患者的生存预后具有显著影响。
2.3 ROC曲线分析
在TCGA数据库的肝癌数据中，CXCL2基因(AUC=0.880)、DEPDC1B基因(AUC =0.889)、ITGA2基因(AUC=0.864)、SLC7A11基因(AUC=0.914)、ROBO1基因 (AUC=0.910)、FAM83D基因(AUC=0.938)、ANLN基因(AUC=0.964)、ASPM基因(AUC=0.966)和CDK1基因(AUC=0.976)对在肝癌患者与对照人群中表达水平的差异具有较好的诊断意义，可用于原发性肝癌患者的诊断。
