食品安全监管由农牧业部、渔业局、卫生部各司其职联合式、自上而下垂直管理，其中农牧业部主要负责初级农产品的监管，包括咖啡、可可、油棕、椰子和大米等，其下属的国家农业检验检疫局负责动植物产品的检验检疫，渔业局主要负责水产品的监管，卫生部统管食品卫生和营养。

巴新农牧业部除食品安全处与国家农业检验检疫局外，还有10个下属的行业委员会和机构，包括油棕工业委员会、畜牧业发展委员会、橡胶委员会、香料委员会、椰子工业委员会、可可委员会、咖啡工业委员会和国家农业检验检疫局、新鲜农产品发展局、国家农业研究所。食品安全处负责食品生产到销售的监管、营养改善、自然资源的可持续利用，对畜牧业、渔业、农林业的农业投入和发展支持等。