在DEA模型中，创新投入指标与创新产出指标的选取会对评价效果产生非常的大影响，是评价创新效率最为关键的步骤，创新投入主要体现为政府的支持以及劳动和资本的投入，创新产出主要体现为新的需求，新的创新成果等。在创新活动中，通常存在技术人员、研发经费、政府支持等初始资源投入，技术人员作为整个创新过程中的主要参与者，是影响创新活动效率的关键性因素；研发经费对整个技术创新活动起到保障作用，是技术创新过程不可或缺的一环；政府支持是创新活动的“润滑剂”，是推动创新发展的重要因素。因此，借鉴相关学者的做法^{[17, 24, 25]}，本文选择R&D人员全时当量（R&D_FEP）、R&D经费内部支出（R&D_IE）、R&D投入强度（R&D_II）作为投入指标。创新产出是指技术知识凝结等方面的产物，考虑到专利数据已成为量化技术创新资源实现成果转化的关键指标，且创新成果最终会转化为生产力并实现经济效益，参考相关学者的做法^{[17, 24, 25]}，选择有效专利数（VaIP）、当年专利申请数（PAT）、市场需求增长率（LnSales）三个指标作为产出指标。