JTAG/边界扫描加载模式即表1中的Boundary Scan，M2，M1，M0管脚配置为“101”。FPGA支持在系统编程(ISC)，测试口和边界扫描体系统称为JTAG。JTAG是“联合测试工作组”(Joint Test ActionGroup)的缩写，一种国际标准测试协议，主要用于芯片内部测试。在器件内部定义一个TAP（TEST ACESS PORT，测试访问口），通过专用的JTAG测试工具对芯片内部节点进行测试。现在多数的高级器件都支持JTAG协议。
另外，Xilinx公司生产的FPGA支持JTAG配置模式优先级最高，无论FPGA设置为何种配置模式，在连接上JTAG下载器后，JTAG/边界扫描加载模式为优先加载模式。即给FPGA直接下载软件是优先模式。
