为了使免疫系统充分发挥作用，人体必须能够区分宿主环境中正常存在的微生物和不存在的外来微生物^[32]。肠道菌群是从环境中获得的，它们的变化可以在肠道局部或全身引起免疫反应^[33]。因此，在肠道菌群异常状态下，比如某些物种的存在可能导致一些细胞因子的增加，包括许多与骨代谢相关的细胞因子。肠道菌群已被证明与免疫细胞相互作用，并调节涉及先天免疫和适应性免疫过程的特定信号通路^[34]。许多研究表明肠道菌群与辅助性T细胞17（Th17）和调节性T细胞（Treg）的平衡密切相关，即肠道菌群可诱导Th17和Treg免疫失衡^[35]。Treg和Th17是两个功能相反的重要淋巴细胞亚群，它们来源于相同的前体细胞，它们的分化需要参与TGF-β 调节的信号通路。Treg和Th17对维持骨稳态，尤其是破骨细胞分化至关重要^[36]。研究表明，Treg细胞减少IL-17的表达抑制破骨细胞分化从而抑制骨吸收^{[37, 38]}，而Th17细胞通过RANKL激活破骨细胞生成促进破骨细胞的分化^[39]。