LGESS具有许多特征性的染色体重排,由Sreekantaiah^[2]等于1991年首次描述的7;17-染色体易位是LG-ESS最独特的细胞遗传学标志,这种畸变导致了JAZF1(7p15)和SUZ12(17q21；以前称为JJAZ1）两个锌指基因在分子水平上的融合。其他常见的重排涉及染色体6p21和PHF1基因，其中PHF1基因可与JAZF1、

EPC1、MEAF6等多种基因进行重组。这些染色体变化显然并不是随机出现的，尽管如此仍没有一种融合基因为LGESS所特有，即它们均可在其他肿瘤中出现^[3]。目前认为这些融合基因表达所产生的异常融合蛋白驱动了LGESS的发生，确切的发病机制尚未明确，但可以肯定的是特定位点的异常乙酰化或甲基化在其发病中起到至关重要的作用^[4]。研究显示，肥胖、糖尿病、初潮年龄较小等会增加患LGESS的风险，另外雌激素的长期刺激也与其发生有关^[5]。而LGESS-SMD发病机制可能与子宫内膜间质细胞具有多向分化潜能有关，由于致瘤因素的长期刺激，使子宫内膜间质细胞启动相应的分化机制，从而促进平滑肌组织的分化^[6]。依据WHO^[7]肿瘤分类诊断标准，当间质及平滑肌成分超过30%时，则将其称作混合性子宫内膜问质-平滑肌肿瘤,后又将其重新命名为低级别子宫内膜间质肉瘤伴平滑肌分化(low-grade endometrial stromal sarcoma with smooth muscle differentiation, LGESS-SMD)。