传统培养技术表明，“肺部为无菌环境”，但随着16SRNA、宏基因组学技术的问世及广泛应用，研究发现，肺部不仅不是无菌环境，相反，肺部及气道内存在稳定的微生物群体，包括病毒、细菌、真菌，其在呼吸道微生态的稳定中发挥者重要作用。同样有研究发现，气道和肺部微生物群具有连续性，由此有研究者推测，肺部的微生物群可能是口腔微生物的误吸所形成的。因此，采用痰标本进行比较分析同样具有临床意义的。通过利用16sRNA二代测序技术可以发现，健康个体的肺部主要是以厚壁菌门、拟杆菌门等为优势菌，而肺部微生态的稳定对于肺部及气道抵抗病原菌及病毒的入侵具有重要作用。由此可见，健康人的肺部微生态具有显著的多样性和稳定性，并与机体环境形成一种动态平衡，处于平衡状态的肺部微环境有利于维持机体正常的代谢和免疫状态，而当肺部微生物群中细菌负荷量发生变化时，肺部微生态则失衡，从而激发体内的炎症反应。因此，我们从肺部微生物群失衡着手解决慢性肺部疾病是具有重要意义的。