1900年两广独立计划谋划之前，孙中山坚持其乙未广州起义时的思想，多方联络海内外志士，欲继续“实行迅雷不及掩耳的革命”。但1899年刘学询奉命赴日，在日期间多次与孙中山秘密联系，为其提供了另一种选择，使得孙中山重新对合作清朝官员实行改革的道路产生了希望。在刘学询的斡旋下，孙中山参与李鸿章暗杀康有为的计划，并开启了庚子年策划两广独立的先声。

戊戌政变后，作为戊戌变法的主要策动者，康有为成为慈禧最为痛恨之人，故慈禧重掌大权之后，力图清除康、梁一派而后快。但康自亡走海外以来，受到英日等国庇护，清政府鞭长莫及，1899年谕令刘学询赴日考察商务则是慈禧为暗杀康梁所放的烟雾弹。

刘学询是孙中山同乡，以赌业致富，曾参与暗中资助乙未广州起义，但其“素抱帝王思想”，实是一投机人物，广州起义失败之后又投靠了清政府。1898年12月9日，清政府“谕知府衔刘学洵。员外郎衔庆宽。均著自备资斧亲入外洋内地考察商务。”次年7月，刘学询抵日，“公开使命为视察日本商业状况，谋求日清关系的亲密化。暗地里却是要肃清康、梁派，并向明治天皇呈上密奏。”