1、饲料系数的内容比较单一, 仅从量的角度显示饲养对象的生长与饲料消耗量之间的关系，已不能适应经济效益为中心的现代养殖业发展的需要。饲料系数从其内容看只代表饲料量的转化率的高低，没有体现饲料的本质——饲料的质与经济价值，现代养殖业不仅重视量，而将更注重质和经济效益。

2、饲料系数不能真实反映饲料质量的优劣和饲料使用效果的好坏。在传统养殖业中，由于养殖的方式和使用的饲料都比较单一，饲料系数也常常被用作评价饲料质量优劣和饲料使用效果好坏的指标而被大众所接受。但随着养殖技术的不断提高，各种养殖方式方法的应用，以及饲料工业的快速发展，自混饲料使用不断减少，工业化加工饲料使用量增加，以饲料系数作为衡量一种饲料产品性价比高低的评判指标存在着极大的误区，将很有可能误导养殖户对饲料质量优劣和饲料使用效果好坏的评判。事实情况是饲料系数低的不一定比饲料系数高的饲料质量优、使用效果好和更经济实惠。在现代养殖业中，评判一种饲料质量的优劣和使用效果的好坏，不仅仅是生产单位重量动物所消耗饲料量的多少，更重要的是生产单位重量动物所消耗饲料价值的多少，它决定了养殖经济效益的高低。