尽管刚性对接提供了高对接精度的结果，但由于刚体对接的限制，所提供的复合物对于蛋白质设计界面的抑制剂不是很有用。因此开发了柔性对接，其与刚体方法相比，通常检查的构象非常有限。柔性对接方法的结合位置最有可能发生在表面较宽的区域，然后将这些区域定义为高亲和力的复杂结构。用于柔性对接较好的软件是HADDOCK，它已成功地解析了大量蛋白质-蛋白质复合物的精确模型，在对接过程中，受体与配体构象均可发生自由变化，这种机制可以精确计算对接结果^[12]。