根据现代生物进化理论，种群内遗传变异产生的基因多样性为生物的进化提供了丰富的原材料。但是当种群数量小到一定程度时，种群内部出现比较普遍的近亲繁殖现象，近亲繁殖导致种群内杂种数量不断下降，逐渐使种群内部具有杂种优势的个体数减少。当一个种群的杂种丧失40%-50%，即达到一个物种能够生存的极限。另外小种群内也会由于发生基因漂变而丧失基因多样性。生物的进化依赖于基因的多样性，小种群无法产生足够的基因变异以补充因近亲繁殖和基因漂变而损失的变异，从而使得遗传随机性对小种群的灭绝产生比较大的影响。