微生物是一大类个体微小的生物群体，其生物特性就决定其检验的特殊性。首先，样品中微生物污染程度。在检验前，对所检样品的微生物污染程度是未知，因此，所选取的方法和稀释梯度都只能在检测结果中进行推断。其次，样品中微生物污染种类。微生物种类繁多，且同一种微生物的生理结构和形态也随时间不同而不同，样品受污染的影响就复杂。受时间及空间的影响，同一批次产品可能被不同特性的微生物污染，需要采取不同的检测方法才能更好的检测出样品微生物的污染情况。再次，样品中微生物污染分布。由于，样品受微生物污染的不确定性，因此，在分布中呈现不均匀。不同部位的微生物检测结果完全不同，即使同一部位多次取样，最后的结果也不会相同。不同于化学物质，微生物其生长和分布，具有复杂和多样的特点。因此，在判断微生物检验结果的时候，检验员的微生物专业知识水平就尤为重要。除此之外，检验过程中，任何一个步骤过程都有可能出现微生物污染，这都直接影响检验结果，所以对微生物检验整体控制的必要性也尤为突出。