JEV属于黄病毒科黄病毒属，其基因组为单股正链RNA，长约11 kb，只有一个开放性阅读框（ORF），共编码三个结构蛋白（C、prM（M）和E）和七个非结构蛋白（NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B和NS5）^[3]。其中，结构蛋白E是JEV的囊膜蛋白，大小约为53kDa。该蛋白通过受体结合、低pH介导病毒入侵宿主细胞，是病毒的主要抗原，具有诱导中和抗体、维持病毒结构的稳定和参与复制组装等功能^[4]。根据E基因序列的同源性差异，可将JEV分为五个基因型，分别为GI、GII、GIII、GIV、GV型。五种基因型在地理位置分布、毒力和宿主适应性上具有一定的差异^[5]。1949年中国大陆报道的首例乙型脑炎病例属于GIII型，在随后的几十年里，GI、GIII型JEV在山东、山西、河南等全国各地相继暴发，造成数十万人感染，其中GIII型乙脑病毒在流行中占主导地位。而在最近的30年里，我国GI型JEV流行范围逐渐扩大，并且有取代GIII型的趋势，成为中国主要流行的基因型^[6]。