公益诉讼起诉期限法律规范的阙如造成司法实践中的“同案不同判”，学界中多数学者认为行政公益诉讼应受起诉期限的限制，但究竟是适用普通行政诉讼中的起诉期限制度抑或是“另起炉灶”似的设置新制度却莫衷一是。也有反对者认为行政公益诉讼不受起诉期限和扣除与延长的限制。马怀德教授最初认为检察机关可以随时对未履行职责的行政机关提起诉讼，后又认为也应受起诉期限的限制，并可以参照适用行政诉讼法第四十八条规定的中断与延长。可见，行政公益诉讼是否以及如何使用起诉期限制度学界远没有达成共识。