毛细管微流控芯片中三维流体通道的特点使得该芯片在制备液滴或纤维成型时相比于常规片状微流控芯片更稳定；相较于PDMS、PMMA基材的微流控芯片，毛细管微流控芯片在制作过程中不需要复杂的微加工过程，极大降低了芯片成本，简化了芯片制作过程；常用玻璃毛细管拥有较高的硬度，较强的耐热、耐压性、无溶胀且耐化学腐蚀，对常见有机试剂耐受性较强，因此具有更普遍的适用性；借助高硼硅玻璃毛细管较高的光学透明度及微流控芯片微小化、易于集成化的优势，通过将微器件与微流控芯片结合可以用来构造微光学器件；此外，通过在毛细管微流控芯片上集成电离装置等，还可实现微流控芯片与质谱联用，实现更广泛的生化检测与分析。