（一）认识上存在偏差。新建本科院校由于办本科教育的历史较短，缺乏相应历史积淀，不少学校办学定位不明确，“贪大求全” 的思想促使学校盲目追求“升格”，脱离实际的追求办成综合性大学，举办研究生教育。由于认识上的偏差，专业建设就根基不稳、浮于表面，建设质量大打折扣。

（二）师资力量比较薄弱。新建本科院校发展迅速，有的老师思想思维形式、教学方式等都带有专科痕迹或习惯。专业负责人还比较年轻，建设经验不足；有的专业负责人对专业内容和方向把握不准，导致专业建设存在偏差。教师大多从学校到学校，从理论到理论，缺乏实践技能，缺乏对行业的深入了解，缺乏产学研融合的能力，真正的“双师型”教师与应用型本科院校的学校定位、人才培养目标都有差距。

（三）硬件条件相对落后。新建本科院校刚从专科发展过来，由于专业发展较快和经费投入不足之间的矛盾，许多新建本科院校在实验室、实训室、实践教学基地、教学科研仪器设备台数、图书资料拥有册数以及其他教研场所等硬件条件方面都比较薄弱，导致了专业特色不鲜明、优势不突出、专业建设总体水平不高等一系列问题。

（四）学科建设刚刚起步。学科建设是专业建设的基础，专业建设必须以学科建设为依托，没有高水平的学科就不会有高水平的专业。对于新建本科院校，由于学科建设刚刚起步，学科建设水平较低，同时有的老师甚至二级学院领导都不重视学科建设，导致专业支撑不够厚实，专业发展受限。