理论研究是环境史的核心部分，近几年来，在理论研究方面，学者们对如何构建学科体系已不再是纯理论的探讨，而是更偏重于实践，且不再执着于辩论环境史的起源和名称问题，更多的是就如何进一步深化研究、弥补过去研究的不足、构建本土话语权等方面进行了探讨。

周琼对中国环境史的理论研究十分关注，写了不少涉及环境史理论的论文。例如，鉴于中国环境史研究仍存在争议，她对学科名称及起源作了再探讨，并提到边疆环境史研究也不可忽视。她指出深化中国环境史研究，不能只盯住环境变迁，而应关注其背后的社会、经济、文化等因素。而后，她进一步指出深化中国环境史研究，可在研究层域、视域、路径、方法、思维取向、旨趣上加以创新。关于环境史研究的新方向，她认为应关注社会背后的环境因素，比如关注灾荒研究。在学科体系及话语权的建构方面，她提到应把握好碎片式区域研究与宏观整体史研究的平衡。面对严峻的新冠肺炎疫情，周琼基于现实提出，环境史研究要关注疾病问题。